Il club nacque nel 1925 come risultato della fusione tra il Borgosesia Football Club e la Trattoria Vallana, squadra del rione di Santa Maria; primo presidente fu eletto Angelo Donati, con vicepresidente Franco Negri. La prima maglia, di colore bianco, divenne successivamente verde. In contemporanea la società, dal campo vicino alla stazione ferroviaria, si trasferì in Viale Vittorio Veneto. Nel 1932 cambiò ragione sociale, divenendo Associazione sportiva Borgosesia. Nel 1945, dopo la seconda guerra mondiale, l'ingegner Bozzola, con l'aiuto di alcuni dirigenti ricostituì la società con la denominazione Associazione Calcio Borgosesia. In quell'anno vennero scelti scelti i colori sociali; al granata, colore principale, fu abbinato anche il verde degli esordi. Nel 1952 il Borgosesia ottenne la promozione in IV Serie, l'attuale Serie D. Allenatore della squadra è Federico Munerati. Nel 1954 la squadra venne invitata ad un allenamento della Nazionale italiana, allora allenata da Silvio Piola; nei giorni successivi arrivò un elogio da parte della Federazione, per la società valsesiana. Nel 1968, dopo un'agguerrita lotta con il Suno, il Borgosesia aprì una serie di otto campionati in Serie D: i tecnici di questa striscia positiva furono Tarabbia, Giancarlo Amadeo, Donna e Sturaro. Il ciclo si chiuse nel 1976 con la retrocessione. Nel 1990 inizia una nuova era per la squadra sesiana, presieduta da Mario Majolo e guidata dal giovane tecnico Gianmario Arrondini, conquistò il passaggio dalla Prima Categoria alla Promozione; grazie alle riforme federali del 1991 e alla creazione di una nuova categoria, il Borgosesia ottenne poi il ripescaggio in Eccellenza. Nel 1993, con allenatore Paolo Rosa, il sodalizio piemontese conquistò la promozione nel Campionato Nazionale Dilettanti. Fu vincendo questo campionato che, al termine della stagione 1997-98, il Borgosesia raggiunse l'apice della sua storia, con la prima promozione tra i professionisti. L'esperienza in Serie C2 durò però solo un anno; al termine del campionato 1998-99 i granata retrocessero dopo i play-out con la Pro Patria. Attualmente, il Borgosesia Calcio sta disputando la decima stagione consecutiva in Serie D.